برخی ناهنجاری رحمی مادرزادی وجود دارد که منجر به سقط جنین می‌شوند که به این ناهنجاری های رحمی در زیر اشاره می کنیم:
تشکیل نشدن بخش‌های مختلف رحم
این ناهنجاری به صورت تشکیل نشدن بخش‌های مختلف رحم مانند واژن، سرویکس، ناحیه‌ی بالای رحم، لوله‌ها و یا ترکیبی از این‌ناهنجاری‌ها اتفاق می‌افتد. در صورتی که ترکیبی از این‌ناهنجاری‌ها وجود داشته باشد، بیمار با شکایت از این که عادت ماهانه ندارد،به پزشک مراجعه می‌کند. بارداری در این زنان ممکن نیست اما آنها از طریق ایجاد واژن مصنوعی می‌توانند آمیزش داشته باشند
رحم دیواره‌دار
این ناهنجاری به این صورت است که دیواره‌ای دروسط رحم قرار گرفته است که ممکن است رحم را کلا به دو قسمت تقسیم کند و یا ممکن است که به صورت ناقص تشکیل شود. اگر دیواره کامل باشد و رحم را به کلا تقسیم کرده باشد، میزان عدم موفقیت در تولید‌مثل بیشتر است. سقط جنین هم به این دلیل صورت می‌گیرد که خون‌رسانی به این دیواره ضعیف است.
رحم قوس دار
خوشبختانه این ناهنجاری باعث نازایی یا سقط جنین نمی‌شود.
این شش نوع ناهنجاری موجب بروز یک اختلال شایع نیز می‌شوند که تشکیل یک‌طرفه‌ی کلیه است. به‌طوری که خانم‌های مبتلا به این ناهنجاری فاقد یک کلیه مخصوصا در همان سمتی هستند که رحم تشکیل نشده است.
-ناهنجاری مرتبط با مصرف داروی دی اتیل استیل بسترول DES در حاملگی
رحم تک شاخ
خانم‌هایی که مبتلا به رحم تک‌شاخ هستند، یا لوله‌ی فرعی دارند و یا ندارند. این خانم‌ها در صورتی که لوله‌ی فرعی هم داشته باشند این لوله‌ها یا با هم مرتبط هستند یا مرتبط نیستند. بیشتر خانم‌هایی که رحم تک‌شاخ دارند به این ناهنجاری از سقط خود به خودی جنین در سه ماهه‌ی اول و دوم بارداری و همچنین زایمان زودرس شکایت دارند. خانم‌هایی هم که شاخ رحمی بدون ارتباط دارند، در آنها حاملگی‌های نابه‌جا مشاهده شده است. درمان این ناهنجاری در خانم‌ها به اندازه‌ی شاخ فرعی و نشانه های همراه آن بستگی دارد
رحم دوگانه
در مبتلایان به این ناهنجاری، میزان زنده ماندن جنین و سالم به دنیا آمدن آن قابل قبول است اما به دلیل دشواری و مشکل بودن ترمیم رحم در آنها، جراحی ترمیمی به ندرت انجام می‌شود
رحم دوشاخ
در خانم‌هایی که رحم دوشاخ دارند، سقط خود به خودی جنین و زایمان زودرس شایع است.
اینها برخی از ناهنجاری های رحمی بودند که میتواند منجر به سقط جنین شود . در مورد رحم باز هم مطالب دیگری نوشته خواهد شد .